Hướng Dẫn Xác Định Chi Phí Vận Hành, Chạy Thử Trong Giai Đoạn Đầu Tư Để Xử Lý Hoàn Thuế GTGT Theo Quy Định Mới Nhất

Ngày 04/9/2025, Cục Thuế ban hành Công văn số 3577/CT-CS trả lời Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp có dự án đang trong giai đoạn đầu tư, có phát sinh vận hành, chạy thử — nếu hoạt động này được coi là một công đoạn bắt buộc theo quy chuẩn kỹ thuật chuyên ngành thì vẫn được xem là thuộc giai đoạn đầu tư. Khi đó, thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn này có thể được hoàn theo quy định

👉 Cơ sở pháp lý

Công văn được ban hành trên cơ sở các quy định pháp luật sau:

• Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT.
• Nghị định số 209/2013/NĐ-CP và các Nghị định sửa đổi (số 100/2016, 49/2022).
• Thông tư số 130/2016/TT-BTC và Thông tư số 13/2023/TT-BTC của Bộ Tài chính.
• Nghị định số 15/2021/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định số 35/2023/NĐ-CP) về quản lý dự án đầu tư xây dựng.

Các văn bản trên quy định cụ thể về điều kiện, trình tự, thủ tục hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới.

👉 Nội dung hướng dẫn của Cục Thuế

Căn cứ các quy định hiện hành, Cục Thuế cho biết:

“Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư, có phát sinh vận hành, chạy thử — nếu thời gian vận hành, chạy thử là một tiêu chí hoặc công đoạn theo yêu cầu kỹ thuật được quy định tại pháp luật chuyên ngành và được thực hiện đúng theo các thỏa thuận giữa các bên — thì vận hành, chạy thử được coi là công việc thuộc giai đoạn thực hiện dự án đầu tư.”

Nói cách khác, hoạt động chạy thử, nếu là bước bắt buộc để nghiệm thu dự án, thì vẫn nằm trong giai đoạn đầu tư và được tính vào chi phí đầu tư hợp lệ khi xem xét hoàn thuế GTGT đầu vào.

👉 Ý nghĩa thực tế đối với doanh nghiệp

Quy định này giúp doanh nghiệp làm rõ ranh giới giữa chi phí đầu tư và chi phí hoạt động, đặc biệt trong các dự án có thời gian vận hành, chạy thử kéo dài như:

• Dự án sản xuất công nghiệp, năng lượng, logistics, hoặc dự án có dây chuyền thiết bị nhập khẩu.
• Các dự án yêu cầu kiểm định kỹ thuật, vận hành thử nghiệm theo quy định chuyên ngành trước khi được nghiệm thu chính thức.

Việc xác định đúng tính chất “giai đoạn đầu tư” giúp doanh nghiệp được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào hợp lệ, giảm áp lực vốn và tăng tính minh bạch trong báo cáo thuế.

👉 Lưu ý cho Doanh Nghiệp

• Nếu hoạt động chạy thử không được quy định trong hồ sơ kỹ thuật hoặc hợp đồng, cơ quan thuế có thể không chấp nhận hoàn thuế cho phần chi phí này.
• Cần lưu trữ hồ sơ đầy đủ và nhất quán, tránh sai khác giữa hợp đồng, biên bản nghiệm thu và hóa đơn GTGT.
• Nên trao đổi trước với cơ quan thuế địa phương hoặc đơn vị tư vấn thuế để xác định rõ phạm vi hồ sơ được hoàn.

✅ KẾT LUẬN

Công văn 3577/CT-CS ngày 04/9/2025 là hướng dẫn quan trọng giúp làm rõ việc xác định chi phí vận hành, chạy thử trong giai đoạn đầu tư. Nếu hoạt động chạy thử là công đoạn bắt buộc theo tiêu chuẩn kỹ thuật, doanh nghiệp được xem là đang trong giai đoạn đầu tư và có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Doanh nghiệp nên rà soát lại hồ sơ, hợp đồng và các tài liệu kỹ thuật để chuẩn bị thủ tục hoàn thuế chính xác, kịp thời và đúng quy định pháp luật.